Slovenski PEN je nastal leta 1926, njegov prvi predsednik je bil Oton Župančič. Med ustanovnimi člani so bili Izidor Cankar, Josip Vidmar, France Stele, Janko Lavrin, Fran Saleški Finžgar, France Koblar. Med drugo vojno center ni deloval. Spet je zaživel leta 1962 in svoj ugled in vlogo stičišča med Vzhodom in Zahodom potrdil s prireditvijo svetovnega kongresa PEN na Bledu leta 1965. Od leta 1962 so Slovenskemu centru PEN predsedovali Matej Bor, Mira Mihelič (bila je tudi podpredsednica mednarodnega PEN), Filip Kumbatovič-Kalan, Miloš Mikeln, Drago Jančar, Boris A. Novak (od leta 2002 tudi podpredsednik Mednarodnega PEN), Marko Kravos, Veno Taufer, Tone Peršak, Marjan Strojan, Evald Flisar, Ifigenija Simonović. Od 26. oktobra 2020 pa do odstopa 23. februarja 2021 je predsedoval Tone Peršak. Po sklepu UO do volitev je vodila Slovenski center Pen podpredsednica Upravnega odbora Helena Kraljič. Dne 7.6.2021 je vodenje SC PEN prevzela nova predsednica Tanja Tuma. 

Slovenski center PEN je pred drugo svetovno vojno uspešno posredoval v obrambo preganjanih primorskih pisateljev in je bil med pobudniki prve mednarodne obsodbe fašizma in nacizma na kongresu v Dubrovniku leta 1933. V povojnem obdobju je potrebno omeniti 33. svetovni kongres leta 1965 na Bledu, na katerem so bili prvič kot opazovalci prisotni pisatelji iz nekdanje Sovjetske zveze, ter tradicionalna Blejska srečanja, ki sodijo s svojo več kot štiridesetletno tradicijo med najbolj pomembna literarna srečanja v svetu. Zavzetost ob kršitvah svobode izražanja in ob pregonih pisateljev v jugoslovanskem prostoru je Slovenski PEN dopolnjeval s skrbjo do slovenskih manjšin v sosednjih državah. V obdobju osamosvajanja Slovenije je obveščal svetovno javnost  preko mreže mednarodnega PEN, med vojno v Bosni in Hercegovini pa je zbiral in posredoval mednarodno pomoč pisateljem na tem področju. Mednarodni ugled Slovenskega centra se izkazuje tudi s tem, da je v Ljubljani sedež Odbora pisateljev za mir, ki je bil ustanovljen leta 1984 na pobudo tedanjega predsednika Miloša Mikelna, ki mu je tudi prvi predsedoval. Za njim je temu odboru v času vojn na ozemlju nekdanje Jugoslavije predsedoval Boris A. Novak, od leta 1999 do 2006 je odboru predsedoval Veno Taufer, do jeseni 2013 Edvard Kovač. Po Antonu Peršaku je vodstvo Odbora prevzel Marjan Strojan, za njim pa francoski pravnik in pisatelj Emmanuel Pierrat. Med majem in septembrom je odbor začasno vodila Tanja Tuma do prevzema funkcije izvoljenega novega predsednika Germána Rojasa iz Čila.